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Covid-19 en Afrique : contamination et létalité, décalage entre Afrique et reste du monde, hypothèses de causes

22 mai 2020

Covid-19 en Afrique : contamination et létalité,

décalage entre Afrique et reste du monde, hypothèses de causes

Régis Marzin, journaliste et chercheur indépendant

contact Mail, Twitter : @Regis_Marzin

https://regardexcentrique.wordpress.com/

Paris, 22 mai 2020

Télécharger la version PDF de l’article  (sans 4 graphes mis à jour ajouté le 5.7.20)

Résumé :

Cet article propose de différencier des types de trajectoires épidémiologiques en Afrique après environ deux mois de pandémie de Covid-19 sur le continent, grâce à l’étude des courbes d’évolution des taux de létalité. A partir des taux de létalité, sont abordés les hypothèses de causes de différence entre l’Afrique et le reste du monde, gestion sanitaire, climat, âge, vaccination et contact avec des agents pathogènes. Des indicateurs qui montrent un décalage sont analysés. Elle se termine par une synthèse des éléments actuellement disponibles sur la possibilité d’un rôle de la vaccination avec le BCG et d’un contact avec les agents pathogènes de la tuberculose et du paludisme.

Sommaire :

Introduction. 3

Taux de létalité de l’épidémie de Covid-19 en Afrique. 3

Hypothèses de causes de décalages entre l’Afrique et le reste du monde. 11

Gestion sanitaire : confinement, isolation de zones, masques, matériel sanitaire. 12

Effet de la pyramide des âges sur l’épidémie. 14

Classement des pays africains selon les taux de létalité et de guérison. 16

Hypothèse d’une influence de la vaccination par le BCG et de l’incidence de la tuberculose et du paludisme  18

Conclusion : actions de l’ONU et de l’OMS en Afrique et prévisions à éclaircir 23

 

Avertissement :

L’auteur de cet article est journaliste et chercheur indépendant en politique africaine, en histoire et science politique essentiellement. Il n’est pas spécialisé en recherche médicale. L’auteur est motivé par le fait que la pandémie de Covid-19 touche la population africaine en impactant les évolutions politiques.

 

Méthodologie :

 Les chiffres épidémiologique de cette étude, rassemblés dans une base de données très simple, sont ceux de l’OMS, pour sa région « Afrique » de 47 pays qui exclut plus ou moins l’Afrique du Nord, le site de référence ‘worldometers.info/coronavirus/’, les pages Wikipedia ‘COVID-19_pandemic_in_Africa’ qui donne des chiffres identiques légèrement plus tôt que l’OMS et plus rarement Wikipedia ‘Pandémie_de_Covid-19_en_Afrique’. Ces 4 sources secondaires se recoupent et donnent les mêmes chiffres avec parfois un décalage allant jusqu’à une journée dû à la collecte d’information et à la réception des données. Les sources primaires sont les communiqués quotidiens des ministères de la santé et des commissions dédiées de 54 ou 55 pays. Les chiffres officiels des Etats ne sont pas partout garantis comme correspondants à la réalité. Au moins deux pays ont été un moment soupçonnés de fournir volontairement des chiffres assez décalés de la réalité, au-delà de ce que provoque un manque de tests ou l’oubli de décès à domicile : les Comores, et le Burundi. Dans une troisième dictature, la Tanzanie, le président de la république conteste la valeur des tests. Sur 55 pays en Afrique, 24 sont des régimes dictatoriaux qui limitent la liberté de la presse, une presse qui est donc souvent plus ou moins empêchée de vérifier les données sanitaires. En outre, il n’y aura pas pour l’Afrique de chiffrages rapides de surmortalité tel qu’il y en a eu en France, fait par l’Institut national de la statistique et des études économiques (INSEE) qui a permis de montrer que la surmortalité montrait plus de décès que les chiffres officiels venant des hôpitaux et Etablissements sociaux et médico-sociaux (ESMS). Dans le département français de l’Ile de la Réunion qui affiche un taux de décès nul jusqu’au 19 mai, des enquêtes sont possibles pour vérifier s’il n’y a pas des morts cachés, décès à domicile « enterrés à la sauvette » ou suite à la confusion avec une autre maladie comme la dengue. Ce type d’enquête se fera sans doute plus difficilement dans une partie de l’Afrique, par exemple au Tchad ou sont signalées des morts cachées à la maison, ou au Rwanda, un pays à taux de décès nul, où le pouvoir n’accepte de manière générale aucune contestation et où des opposants finissent parfois « suicidés » en prison. Malgré des doutes, les chiffres officiels sont les seules données disponibles en Afrique pour étudier comparativement l’épidémie dans 55 ou 56 pays (56 avec le Somaliland). Les chiffres de nombre de morts et de cas par millions d’habitants utilisés dans d’autres études en particulier dans l’étude du New York Institute of Technology du 28 mars 2020, ne sont pas valables en Afrique, car la pandémie a été contenue beaucoup plus que dans le reste du monde à des zones particulières dans chaque pays, parfois restreintes, pour lesquelles on ne dispose pas de chiffres précis de population. Les données de l’article sont toutes arrêtées au 21 mai, date par défaut de certains chiffres.

 

Introduction

Ce 22 mai, l’Afrique vient de passer le cap des 100 000 cas officiels de Covid-19. L’épidémie s’est répandue en Afrique plus tard que sur les autres continents, à partir du 14 février en Egypte, du 25 février en Algérie et du 28 février au Nigéria. Fin mars, 49 pays annonçaient des cas officiels, ce qui correspond à 50 pays avec le Somaliland non reconnu par l’Onu et donc l’Oms. Cinq derniers pays, y compris le Sahara occidental géré par deux pouvoirs ont rejoint les pays touchés en Avril. Le dernier pays, le Lesotho a finalement déclaré un malade le 13 mai. Le premier décès officiel africain, celui de la députée Rose Marie Compaoré, est annoncé le 17 mars au Burkina Faso, alors que l’Europe compte déjà près de 3400 morts et les USA près d’une centaine.

Seuls les premiers pays touchés en février sont pris par surprise et laissent les contaminations se lancer sans actions de prévention suffisantes. Ensuite, des mesures sont prises, en particulier dans les aéroports, pour tenter d’empêcher des malades d’arriver d’ailleurs, de Chine, puis d’Europe, surtout, et enfin d’autres pays d’Afrique. Cette différence niveau ‘surprise’ avec d’autres parties du globe a ensuite des conséquences dans le ralentissement de la contagion. Les pays se sont plus ou moins fermés – il reste du transport de marchandises transfrontaliers en camions par exemple -, définissant ainsi entre leurs frontières autant de zones séparées où s’appliquent des gestions de crise sanitaire nationales particulières.

Après globalement 2 mois d’évolution de l’épidémie de mi-mars à mi-mai, le continent est la partie du monde la moins touchée. Début mai, le nombre de cas officiels se rapproche de 50 000, 49160 le 6 mai, avec une augmentation régulière d’environ 5% chaque jour sur les 2 dernières semaines. Le nombre de cas double en deux semaines entre le 21 avril et le 5 mai. Il pouvait donc doubler et atteindre 100 000 vers le 20 mai, si la capacité de test suivait. La propagation ayant un peu ralenti, au 20 mai sont dénombrés 91000 cas. A titre de comparaison, la France, dont les premiers cas sont datés du 24 janvier, même si des enquêtes commencent à parler de la possibilité de cas en décembre et peut-être en novembre 2019, est passée de 50 000 à 100 000 cas entre le 31 mars et le 14 avril, passant dans le même temps de 3500 morts à 15750. L’Afrique au 20 mai atteint 2907 morts, 5,4 fois moins. La France de 67 millions d’habitants a mis 66 jours à atteindre 50 000 cas et l’Afrique de 1216 millions d’habitants 80 jours depuis le 14 février, date du premier cas en Egypte.

Cependant, le démarrage de l’épidémie en Afrique n’est visible dans un maximum de pays qu’à la mi-mars, 27 pays étant touchés entre le 13 et le 20 mars, environ 30 jours après le 1er cas en Egypte, ce qui fait que l’on peut aussi dire que l’Afrique a atteint 50 000 cas au bout de 50 jours seulement. Le démarrage de l’épidémie en Afrique peut être considéré comme arrivant 1 mois et ½ après celui de l’Europe. La faiblesse du nombre de cas peut tout autant être vue comme un décalage dans le temps avec une évolution en nombre de cas comparable. S’il y a spécificité de l’Afrique dans son ensemble, il n’est pas encore établi que ce soit dans une hypothétique ‘contagion plus faible’.

Au 21 mai, le cumul des décès en Afrique se monte à 2990. Le taux de létalité, nombre de décès sur nombre de cas, baisse progressivement pendant que le nombre de tests augmente et est descendu à 3,14%. Le taux de guérison monte progressivement et atteint maintenant 40,07%. Au moment de passer le cap de 50 000 cas le 31 mars, la France affichait un taux de létalité de 6,76% sans tenir compte alors des Etablissements sociaux et médico-sociaux (ESMS) souvent appelés EHPAD par rapport à l’épidémie. Au cap de 100 000 cas, la France avait un taux de létalité de 15,19% faute de dépistage.

A environ 65 jours d’épidémie en Afrique, les systèmes hospitaliers africains dans l’ensemble n’apparaissent pas encore saturés par les cas graves et les besoins de réanimations, malgré le peu de moyens disponibles. S’il y a une spécificité africaine, elle semble être dans le faible taux moyen de cas graves et de décès. Cela conduit à mettre l’accent sur les taux de létalité de chaque pays pour tenter de trouver des causes à une probable spécificité africaine dans la faiblesse du nombre de cas graves.

 

Taux de létalité de l’épidémie de Covid-19 en Afrique

Au 5 mai, 12 pays qui ont dépassés 1000 cas, Afrique du Sud, Égypte, Maroc, Algérie, Nigeria, Ghana, Cameroun, Guinée, Côte d’Ivoire, Sénégal, Djibouti, Tunisie comptent 37874 cas sur 46965, soit 80,64% des cas. Les 4 premiers d’entre eux en nombre de cas, Afrique du Sud, Égypte, Maroc, Algérie, pèsent 50,53% des cas. Au 21 mai, les pays à plus de 1000 cas sont maintenant 18. Les 6 premiers d’entre eux, Afrique du Sud, Égypte, Maroc, Algérie, Nigeria, Ghana, comptent 62,92% des 95124 cas. L’épidémie touchent encore principalement une partie limitée de l’Afrique.

En priorité, les taux de létalité sont comparables entre pays comprenant soit le plus grand nombre de cas (graphe 3), soit les pays qui ont connu les premiers démarrages de l’épidémie (graphe 1) et qui sont maintenant en 9e, 10e, 11e (Maroc, Tunisie, Sénégal), 12e (Algérie) ou 13e semaine (Egypte). La comparaison des pays entrés plus tardivement en épidémie est également intéressante (graphe 2). Un graphe des pays aux plus faibles taux de létalité complète la présentation (graphe 4).

  1. Covid-19 : Evolution du taux de létalité par pays en Afrique de J36 à J98

26 premiers pays touchés – 5e, 6e, 7e, 8e, 9e, 10e, 11e, 12e, 13e semaines selon pays – RMarzin – 21.5.2020

NB : Ajout du 5.7.20 : Graphe mis à jour au 5.7.20

La diversité des styles de courbes est immédiatement observable. Au bout d’un certain temps, en fonction de paramètres nationaux, les taux de létalité se stabilisent dans une grande partie des pays, c’est le cas déjà pour presque une quinzaine des 26 pays. Les 10 pays dont les taux sont encore les moins stabilisés sont sans doute l’Algérie, l’Egypte, le Maroc, le Togo, la RDC, le Kenya, le Soudan, le Gabon, la Guinée équatoriale, et la Mauritanie. Dans ces pays, il peut y avoir une cause de non-stabilité, par exemple, une pénurie de test en Algérie qui a fait monter le taux de manière anormale jusqu’à près de 16%. Dans cette même période, l’Algérie a souffert d’une montée de pression sur le système hospitalier. Les taux peut-être très haut au départ quand l’organisation des tests n’est pas encore prête et, dans le cas général, quand l’organisation des tests s’améliorent les taux baissent et peuvent se stabiliser. Autre exemple, le Togo, lui souffre de difficulté d’organisation de son système hospitalier, le pouvoir a dû injecter des infirmiers militaires en remplacement.

Les taux de létalité nationaux (nombre de décès depuis le début sur nombre de cas depuis le début) ont tendance à se stabiliser à des hauteurs variables entre 0 et 7%. Si l’épidémie est en train de s’arrêter la courbe doit être en train de s’aplatir, car les chiffres de cas et de décès arrêtent de changer. Un pays qui a eu beaucoup de morts et qui en a moins ensuite ne peut pas avoir au final un bon taux de létalité, et, idéalement, il faudrait aussi calculer un taux plus instantané sur 15 jours par exemple, mais cela serait complexe. Le cas de la Mauritanie est très spécifique car il s’agit d’un taux calculé sur très peu de malades seulement pendant assez longtemps, 8 jusqu’à la fin d’une période de réussite d’endiguement.

  1. Covid-19 : Evolution du taux de létalité par pays en Afrique de J36 à J67

27 derniers pays touchés sauf 2 tout derniers – 5e, 6e, 7e, 8e, 9e semaines selon pays – R.Marzin – 21.5.20

NB : Ajout du 5.7.20 : Graphe mis à jour au 5.7.20

Au 21 mai, sur 55 pays, 9 pays n’ont pas encore de décès signalés : Centrafrique (418 cas), Rwanda (314 cas), Ouganda (264), Mozambique (156), Eritrea (39 tous guéris), Namibie (16 dont 14 guéris), Seychelles (11 cas tous guéris), Sahara occidental (6 tous guéris), Lésotho (1 cas). Madagascar et le Sud Soudan ont eu aussi pendant longtemps aucun décès officiel.

En mettant de côté les 9 pays sans décès, les 46 autres ont plus ou moins stabilisé leur taux au taux actuel du 21 mai, sachant que ces taux pourraient être presque partout plus bas s’il y avait plus de tests, entre autres raisons :

Taux au 21 mai N Pays
Entre 0,01 et 0,99 10 Djibouti (9/1828=0,49), Ghana (31/6269=0,49), Madagascar (1/371=0,54), Guinée Bissau (6/1089=0,55%), Guinée (18/2863=0,63), Gabon (12/1567=0,77%), Guinée Equatoriale (7/890=0,79), Zambie (7/832=0,84),

Cap-Vert (3/349=0,86), Eswatini (2/217=0,92)

Entre 1,00 et 1,99 6 Sénégal (30/2714=1,11), Sud Soudan (4/339=1,18), Ethiopie (5/389=1,29),

Côte d’Ivoire (29/2231=1,30%), Bénin (2/130=1,54), Afrique du Sud (339/ 18003=1,88),

Entre 2,00 et 2,99 4

 

Burundi (1/42=2,38), Maroc (194/7133=2,72), Mauritanie (4/141=2,94)

Comores (1/34=2,94)

Entre 3,00 et 3,99 8 Nigéria (200/6677=3,00), Maurice (10/332=3,01), Sao Tomé-et-Principes (8/258=3,10), RDC (61/1731=3,52), Togo (12/340=3,53), Congo-B (15/420=3,57), Somalie (61/1572=3,88), Cameroun (146/3733=3,91),
Entre 4,00 et 4,99 9 Botswana (1/25=4,00), Soudan (111/2728=4,07), Tanzanie (21/509=4,13),

Gambie (1/24=4,17), Malawi (3/71=4,23), Libye (3/69=4,35), Tunisie (47/1045=4,50), Egypte (680/14229=4,78), Kenya (50/1029=4,86),

Entre 5,00 et 5,99 3 Angola (3/52=5,77), Mali (55/931=5,91), Sierra Leone (34/570=5,96),
Entre 6,00 et 6,99 2 Niger (58/920=6,30), Burkina Faso (52/809=6,43)
Entre 7,00 et 7,99 1 Algérie (568/7542=7,53) en baisse constante depuis maximum de 15,78 le 14.4
Entre 8,00 et 8,99 1 Zimbabwe (4/48=8,33)
Entre 9,00 et 9,99 1 Libéria (23/238=9,66),
Entre 10,00 et 10,99 1 Tchad (57/565=10,09)

Les taux les plus élevés au-dessus de 7% ne sont sans doute pas représentatifs étant établis sur trop peu de cas pour trois pays et dans une situation de pénurie de tests en Algérie. A l’inverse, il est avéré que le taux bas de Djibouti correspondant à des pays avec le maximum de tests par habitant en Afrique, 21449 par Millions d’habitant au 21 mai. Il se distingue deux pôles (qui étaient encore plus visibles le 6 mai), un pôle de 16 pays autour de 1% (de 0,01 à 1,99) et un pôle de 17 pays autour de 4% (de 3,00 à 4,99) qui peut être élargi à un pôle de 20 autour de 4,5% (entre 3,00 et 5,99).

En ne conservant que les 40 (46-10+4) pays à plus de 150 cas, y compris 4 pays à 0 décès, les deux pôles se distinguent mieux, avec 19 pays autour de 1% et 15 pays autour de 4,5%.

Taux au 21 mai N Pays
0 4 Centrafrique (418 cas), Rwanda (314), Ouganda (264), Mozambique (156),
Entre 0,01 et 0,99 10 Djibouti (9/1828=0,49), Ghana (31/6269=0,49), Madagascar (1/371=0,54), Guinée Bissau (6/1089=0,55%), Guinée (18/2863=0,63), Gabon (12/1567=0,77%), Guinée Equatoriale (7/890=0,79), Zambie (7/832=0,84),

Cap-Vert (3/349=0,86), Eswatini (2/217=0,92)

Entre 1,00 et 1,99 5 Sénégal (30/2714=1,11), Sud Soudan (4/339=1,18), Ethiopie (5/389=1,29),

Côte d’Ivoire (29/2231=1,30%), Afrique du Sud (339/ 18003=1,88),

Entre 2,00 et 2,99 1 Maroc (194/7133=2,72)
Entre 3,00 et 3,99 8 Nigéria (200/6677=3,00), Maurice (10/332=3,01), Sao Tomé-et-Principes (8/258=3,10), RDC (61/1731=3,52), Togo (12/340=3,53), Congo-B (15/420=3,57), Somalie (61/1572=3,88), Cameroun (146/3733=3,91),
Entre 4,00 et 4,99 5 Soudan (111/2728=4,07), Tanzanie (21/509=4,13), Tunisie (47/1045=4,50), Egypte (680/14229=4,78), Kenya (50/1029=4,86),
Entre 5,00 et 5,99 2 Mali (55/931=5,91), Sierra Leone (34/570=5,96),
Entre 6,00 et 6,99 2 Niger (58/920=6,30), Burkina Faso (52/809=6,43)
Entre 7,00 et 7,99 1 Algérie (568/7542=7,53) en baisse constante depuis maximum de 15,78 le 14.4
Entre 8,00 et 8,99 0
Entre 9,00 et 9,99 1 Libéria (23/238=9,66),
Entre 10,00 et 10,99 1 Tchad (57/565=10,09)

 

Le 6 mai, les deux groupes se composaient de 13 pays autour de 1% et 16 pays autour de 4,5%, quelques pays continuant d’avoir des longues baisses de taux de létalité dues aux augmentations du nombre de tests. Le Maroc, pour l’instant intermédiaire, fait partie de ces pays au taux en baisse constante et son taux pourrait se rapprocher de 2% mais il restera plus probablement plus proche du pôle autour de 4,5%.

Taux au 6 mai (%) N Pays
0 2 Rwanda (0/261=0), Madagascar (0/158=0),
Entre 0,01 et 0,99 6 Djibouti (2/1120=0,18), Guinée Bissau (1/413=0,24%), Guinée (10/1811=0,55), Ghana (18/2719=0,66), Guinée Equatoriale (3/439=0,68), Sénégal (11/1329=0,83)
Entre 1,00 et 1,99 5 Cap-Vert (2/186=1,08), Côte d’Ivoire (18/1464=1,23%), Gabon (6/397=1,51%), Sao Tomé-et-Principes (3/174=1,72%), Afrique du Sud (148/7572=1,95)
Entre 2,00 et 2,99 0
Entre 3,00 et 3,99 5 Maurice (10/332=3,01%), Cameroun (64/2014=3,04%), Nigéria (98/2950=3,32), Tanzanie (16/480=3,33), Maroc (181/5219=3,47)
Entre 4,00 et 4,99 6 Tunisie (43/1022=4,21), Congo-B (10/236=4,24%), Kenya (24/535=4,49), Somalie (38/835=4,55), RDC (34/705=4,82), Niger (38/763=4,98)
Entre 5,00 et 5,99 3 Mali (32/612=5,23), Sierra Leone (11/199=5,53), Soudan (45/778=5,78),
Entre 6,00 et 6,99 2 Egypte (452/7201=6,28), Burkina Faso (48/689=6,97)
Entre 7,00 et 7,99 0
Entre 8,00 et 8,99 0
Entre 9,00 et 9,99 0
Entre 9,00 et 9,99 1 Algérie (470/4838=9,71) en baisse constante depuis maximum de 15,78 le 14.4
Entre 10,00 et 10,99 1 Tchad (17/170=10,00)
Entre 11,00 et 11,99 1 Libéria (20/170=11,76)

Sur le graphique suivant sont conservés 22 pays ayant au 21 mai plus de 800 cas :

  1. Covid-19 : Evolution du taux de létalité par pays en Afrique de J22 à J98

23 pays à plus de 800 cas officiels – 6e, 7e, 8e, 9e, 10e, 11e, 12e, 13e semaines selon pays – RM – 21.5.20

NB : Ajout du 5.7.20 : Graphe mis à jour au 5.7.20

Parmi les 23 pays à plus de 800 cas au 21 mai, le pôle des faibles taux (autour de 1%) est composé de 10 pays, Djibouti, Ghana, Guinée Bissau, Guinée, Gabon, Guinée équatoriale, Zambie, Sénégal, Côte d’Ivoire, Afrique du Sud[1]. Le pôle autour de 4,5% est lui composé de 9 pays : Nigeria, RDC, Somalie, Cameroun, Soudan, Tunisie, Égypte, Kenya, Mali[2].

Le taux de l’Algérie lié à une pénurie de tests est encore élevé malgré sa baisse constante. La courbe du Burkina Faso est très différente des autres courbes. Ce pays est paradoxal, car il affiche un taux de létalité élevé croissant en même temps qu’un taux de guérison exceptionnel, autour de 80% depuis début mai. Dans une moindre mesure, le Niger partage avec le Burkina Faso ce paradoxe, en affichant une courbe en croissance proche de celle du Burkina Faso et un taux de guérison assez élevé qui a fini par atteindre lui aussi 80% le 20 mai. Peut-être que ces deux pays ont des points communs au niveau des traitements des malades, des stratégies de dépistages similaires, ou un manque de tests similaires, les deux pays partageant également la même guerre.

4. Covid-19 : Evolution du taux de létalité par pays en Afrique de J36 à J81 – RM – 21.5.20

16 pays aux plus faibles taux de létalité au-dessus de 300 cas – 5e, 6e, 7e, 8e, 9e, 10e semaines selon pays

NB : Ajout du 5.7.20 : Graphe mis à jour au 5.7.20

Le pôle autour de 1% compte 19 pays à plus de 150 cas, 16 pays et à plus de 300 cas et 10 pays à plus de 800 cas. Le graphique précédent présente ce pôle sous sa forme à plus de 300 cas, à 16 pays. Deux d’entre eux sont stables sans décès : Centrafrique (0/418) et Rwanda (0/314). Djibouti est resté longtemps avec un taux proche de 0 avec un seul décès. L’île de la Réunion non considérée dans cette étude est proche de ces pays « miracle » et elle affiche au 21 mai 91,95% de malade guéris, mieux que les 68,79% du Rwanda. Pour les pays sans décès, le nombre de tests ne jouent pas si les décès ne sont pas cachés par la population. A Madagascar, qui n’a eu aucun décès jusqu’au 17 mai, l’emploi de l’Artemisia sous forme de Covid-Organics est généralisé, et s’il n’y a pas de preuves de l’efficacité du remède, cela rajoute tout de même un paramètre dans l’analyse de la situation de ce pays.

La Guinée Bissau, la Guinée, et le Ghana maintiennent ensuite des taux de létalité vers 0,50% depuis plus de 2 semaines. Le Ghana (31/6269) se trouve parmi les premiers pays africains en nombre de tests par habitants avec 6063 tests par millions d’habitants derrière l’Ile Maurice (77131), Djibouti (21449) et l’Afrique du Sud (8872). On peut supposer que le taux bas du Ghana est lié au grand nombre de tests. Sous 1% se trouvent ensuite Madagascar, la Guinée Bissau, la Guinée, le Gabon, la Guinée équatoriale, la Zambie et le Cap-Vert. Viennent ensuite entre 1et 2% le Sénégal, le Sud Soudan, l’Éthiopie, la Côte d’Ivoire, l’Afrique du Sud.

L’Ethiopie teste de plus en plus, 204 tests par Millions d’habitants au 8 mai et 1606 au 21 mai et son taux qui dépend surtout du nombre de tests descend. Mi-Avril, l’Afrique du Sud annonçait une capacité de 70 000 tests par jour, ce qui la place au 8 mai au maximum africain de cumul de test avec 292 153 tests. Mais cela ne fait plus baisser son taux de létalité, ce qui fait penser que d’autres facteurs jouent maintenant sur ce taux en croissance régulière légère. Il se pourrait que le facteur température commence à jouer pendant le refroidissement automnal encore assez peu marqué (autour de 21° à Johannesburg en mai), à moins que la pression ne monte sur le système hospitalier en raison du nombre de cas.

 

Hypothèses de causes de décalages entre l’Afrique et le reste du monde

Dans les media français, beaucoup d’hypothèses sont depuis début mai émises pour parler d’un certain décalage entre l’Afrique et le reste du monde dans l’épidémie, sans que ce décalage ne soit bien défini. Le 3 mai, Jeune Afrique commence par évoquer « le climat, la jeunesse des populations, un habitat moins dense, des déplacements plus limités, l’expérience des épidémies, une vraie coopération transfrontière, la protection indirecte d’autres traitements, une immunité « génétique », une autre version du virus, de meilleurs masques » et surtout « les mesures de protection draconiennes » « prises très tôt ». Le Monde remarque le 5 mai que l’Afrique « ne compte que 1,2 % des cas de Covid-19 » et « résiste mieux que le reste du monde », ce qui « s’explique notamment par sa faible insertion dans les réseaux internationaux et par la jeunesse de sa population ». Le Point du 7 mai explique une « étonnante résilience » même « s’il n’est pas encore temps de crier victoire », par « des mesures préventives précoces, une population jeune, une faible densité et mobilité de la population, le facteur climatique, les barrières des traitements antérieurs et le retour d’expériences des épidémies. » Au niveau transport aérien, le fait que parmi les pays ‘points d’entrée’ chinois en Afrique, l’Ethiopie, n’a pas subie le même sort que l’Afrique du sud et l’Egypte est souligné à partir d’une étude de la revue ‘The Lancet’ du 20 février.

Dans le Monde du 8 mai, une tribune de trois chercheurs de l’Institut de recherche pour le développement (IRD), Laurent Vidal, Fred Eboko et David Williamson, termine la série. Ils explicitent une sorte de « discours alternatif » face à la « psychose médiatique » selon les mots de l’anthropologue sénégalais Abdourahmane Seck ou face à la « bien-pensance médiatique » selon eux : « Aujourd’hui, quelques premières analyses pondèrent donc la catastrophe annoncée, avec des pistes explicatives. Sont évoqués une série de facteurs : un contact avec diverses infections qui pourrait jouer un rôle protecteur, des leçons tirées d’Ebola et du VIH, un flux de voyageurs internationaux bien moindre qu’en Europe, aux Etats-Unis et en Asie, des mesures gouvernementales prises très tôt, ou encore une capacité de résilience, d’adaptation et d’inventivité forte et éprouvée, elle-même liée à une série de facteurs sociaux et environnementaux. … l’épidémie stagne ou se résorbe, n’affectant qu’une minorité de la population. »

Impressionné-e-s par le faible nombre de morts officiels actuellement, les journalistes parlent des « capacités de dépistage limitées » mais la plupart ne remarquent pas que le décalage est surtout temporel et que beaucoup de pays sont encore en début d’épidémie, suite à d’importants efforts d’endiguement et de ralentissement. Il est nécessaire de différencier les causes de décalage en phase de démarrage (cas isolés et premiers clusters) et les causes de décalage en phase de contamination large (contamination « communautaire » et sans suivi des cas, hors de contrôle). Les causes au démarrage peuvent être assez évidentes, mais les causes en contamination de centaines et de milliers de personnes sont plus complexes à envisager, et, c’est justement surtout sur la seconde phase que l’Afrique est différente du reste du monde, et, moins impactée pour l’instant que le reste du monde.

Au niveau des traitements, Madagascar utilise l’artémisinine de l’Artémisia et doit terminer ses essais cliniques si elle veut prouver son efficacité. Au moins 28 pays ont déclaré utiliser l’hydroxychloroquine, par exemple le Maroc et le Sénégal sur tous les patients, le Sénégal le plus tôt possible. Il y a peu de retour et ce sont surtout les responsables sénégalais qui se sont exprimés pour donner un avis. Le 17 avril, Moussa Seydi, médecin en charge de l’épidémie au Sénégal était satisfait d’observer des guérisons « plus rapides » et a promis une étude pour vérifier. Depuis, le thème de hydroxychloroquine et de la chloroquine est moins médiatisé.

La recherche des hypothèses d’explications des caractéristiques particulières du stade actuel de l’épidémie en Afrique doit tenir compte de facteurs les moins contestables possibles. Quatre points essentiels attirent l’attention. Premièrement, parce que la plupart des pays en Afrique n’ont pas été pris par surprise, les mesures d’endiguement et de ralentissement ont été prises plus tôt et à un moment où elles étaient plus efficaces. Sans la ‘surprise’, les mesures ont aussi été plus fortes et plus adaptées et ont permis d’éviter la multiplication de « clusters » de départ. Ces mesures ont aussi bénéficié d’une expérience internationale et de conseils extérieurs.

Deuxièmement, les pyramides des âges avec peu de personnes de plus de 60 ans font évidemment baisser le taux de létalité, mais la protection familiale des anciens peut aussi jouer. S’il y a moins de personnes de plus de 80 ans, il y a aussi moins de maisons de retraites et de structures d’accueil médicalisées susceptibles de se transformer en lieu à forte concentration de décès. Les traitements sont appliqués sur des malades plus jeunes.

Troisièmement, un effet du facteur climatique sur la propagation du virus positif en Afrique est assez probable sans être encore bien prouvé, sachant que, sans doute, d’après l’étude du gouvernement américain présentée le 23 avril à la Maison blanche, « la chaleur, l’humidité et la lumière contribuent à ralentir la propagation du virus », et sans doute en particulier les rayons ultra-violets. Concernant l’Afrique, tous les yeux sont actuellement tournés vers la courbe inquiétante du nombre de cas en Afrique du sud, alors que durant l’automne australe, la température diminue. D’un autre côté, mais dans un pays riche au mode de vie particulier, le virus est très actif en Arabie Saoudite qui a atteint 60 000 cas le 21 mai, alors que la température moyenne en mai à La Mecque est de 34° et qu’il fait 37° à Ryad. Si le SARS-Cov-2 est saisonnier, selon le chercheur Laurent Lagrost, vu de l’hémisphère nord, il « pourrait réussir à passer notre été », « être conservé au cours de l’hiver austral dans l’hémisphère sud » et « revenir dans l’hémisphère nord à partir de l’automne prochain ». Alors que ce facteur est sans doute essentiel pour l’Afrique, les avis des chercheurs et des médecins divergent encore. La distanciation sociale peut aussi varier avec les saisons et la chaleur, si tout le « tout le monde est à l’air libre » ou pas. Il manque de recul sur ce facteur sur lequel peu d’études sont terminées.

Si ces trois facteurs ne suffisent pas à expliquer des spécificités africaines, il apparaît un quatrième ‘facteur potentiellement prépondérant’ dans la possibilité de résistances immunitaires spécifiques liées à des contacts avec des agents pathogènes au travers de la tuberculose, de la vaccination par le Bacille de Calmette et Guérin (BCG) ou du paludisme.

Le quatrième facteur est celui sur lequel il existe le moins de données et pour lequel les démonstrations sont les moins évidentes à fournir. Comme il apparaît beaucoup de paramètres dans le comportement du virus au niveau propagation et maladie, des études plus approfondies seront nécessaires pour comprendre le poids des facteurs. Si la pandémie, qui a été ralentie pendant environ deux mois, arrive dans de nombreux pays à un stade de forte augmentation des cas et décès, la spécificité africaine pourrait devenir moins apparente.

 

Gestion sanitaire : confinement, isolation de zones, masques, matériel sanitaire

Même si la majorité des pays ont connu leurs premiers cas vers la mi-mars, le démarrage a été vu comme encore plus lent qu’il n’était, parce qu’ailleurs dans le monde les premiers cas ont été ignorés, la maladie n’étant pas encore connue, ce qui n’a pas été le cas en Afrique. Dès le départ, les dirigeants étaient amenés à prendre des décisions avec le recul de l’expérience d’ailleurs. Les premières mesures au niveau des aéroports ont donc été prises très tôt. Les mesures de confinement partiel ou total sont ensuite arrivées très vite. Commencer un confinement plus tôt et plus fort pouvait être une manière de pouvoir l’arrêter ensuite plus tôt, éventuellement.

Le 14 mai, Le Monde décrit correctement le « confinement précoce » en Afrique (3’20) : «  Dès le 20 mars, alors qu’elles comptaient seulement une poignée de personnes contaminées, l’Ile Maurice et la Tunisie ont décrété le confinement total, puis le 21 mars, le Maroc et le Rwanda. D’autres ont instauré un couvre-feu, un Etat d’urgence sanitaire, ou ont seulement fermé les bars et les restaurants, » ou les écoles et universités. Le premier pays a été la Mauritanie dès le 13 mars, de manière partielle mais forte, suivie de la Namibie le 14 mars de manière partielle. Dans 6 pays sur 55, aucun confinement n’a été décidé, le Sénégal en Etat d’urgence, le Togo en état d’urgence et avec couvre-feu, le Burkina Faso où marchés, bars et restaurants ont été fermés du 25 mars 3 au 22 avril, la Côte d’Ivoire où des fermetures de lieux ont été décidées à Abidjan, la Tanzanie qui a fermé les écoles et interdit les rassemblements, et le Burundi, dont le régime dictatorial concentré sur les élections a fini par expulser l’OMS. Dans un septième pays, au Malawi, « au nom de la protection des plus pauvres », la justice a empêché le confinement décidé mi-avril. Le confinement a été total dans 11 pays et partiel dans 37 pays, avec des nuances, par exemple dans l’isolation de zones et de villes. Globalement a circulé l’idée que pour être tenable et durable le confinement ne devait pas être trop fort, et quand des mesures de déconfinement ont été décidées, cela n’avait pas non plus le même sens qu’en Europe. Beaucoup de pays ont mis en place des quarantaines ou quatorzaines. L’Etat d’urgence (sanitaire) a été instauré dans au moins 15 pays.

Stratégie de confinement et port des masques étaient logiquement liés dès le départ. En Afrique, la généralisation du port du masque pouvait aider à limiter le confinement pour limiter les impacts économiques. Il se posait la question de ne pas reproduire l’ « erreur » européenne et américaine sur les masques, « erreur », terme employé le 31 mars par George Gao, le directeur général du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies. Cette erreur était en partie liée aux préconisations de l’OMS, le gouvernement français s’étant par exemple appuyé sur « l’avis des experts, en l’occurrence les recommandations l’OMS » en pleine pénurie de masques en France. Alors que début Avril, les scientifiques ont commencé à dénoncer le fait que « l’OMS continu(ait) dans sa recommandation absurde de dire que les masques (n’étaient) pas nécessaires pour le grand public », l’OMS a commencé à changer de position, mais le 7 avril, le Dr Matshidiso Moeti, directrice Afrique de l’OMS, n’a pas du tout parlé de masque dans une interview importante, à un moment crucial sur cette question en Afrique, à un moment où il fallait avancer sur des décisions de confinement et de gestes barrières. Finalement, les gouvernements africains n’ont pas attendu que l’OMS admette une erreur pour avancer. Après qu’une sorte de dilemme d’observation de l’Europe ait provoqué un temps de retard dans la prise de décision, cela a été suffisamment compris en comparant la gestion sanitaire de l’Europe et de l’Asie. Les erreurs de certains experts et de l’OMS sur les masques associées à de l’incompétence gouvernementale locale ont eu des effets en Europe, par exemple en région parisienne en raison des transports en commun, mais, comme l’épidémie démarrait plus tardivement en Afrique, cette erreur y a eu beaucoup moins de conséquences. Elle a été corrigée assez tôt en début d’épidémie.

Au moins 21 pays sur 55 ont rendu le masque obligatoire entre le 6 avril en Tunisie et le 19 mai en Algérie. Quatre pays supplémentaires l’ont rendu obligatoire seulement dans la capitale ou une grande ville, et deux pays, le Cap-Vert et l’Egypte l’ont rendu obligatoire seulement dans les espaces fermés. Un 27e pays, l’Angola l’a juste recommandé.

Michel Yao, responsable des opérations d’urgence en Afrique explique le 14 mai (9’45) : « On a à peu près une vingtaine de pays qui ont encore des cas sporadiques, on a à peu près aussi 22 pays qui ont ce qu’on appelle des ‘clusters’, c’est-à-dire des groupes de cas qui sont liés et qui ne sont pas éparpillés dans la communauté. Mais on a par contre une dizaine de pays avec transmission communautaire, pour lequel il faut faire attention pour ne pas basculer dans le pire scénario. » Progressivement, des pays glissent d’une catégorie à l’autre et la situation globale africaine s’aggrave. Peut-être qu’en mai le Nord du Nigéria autour de la ville de Kano, où « depuis quelques semaines, les fossoyeurs sont dépassés », correspond à la zone qui s’éloigne le plus d’un contrôle sanitaire normal.

Les populations peuvent avoir aussi des points de vue : selon Isabelle Defourny, directrice des opérations MSF France, le 17 mai sur Europe 1, « Les Africains « savent que leurs systèmes de santé ne sont pas extrêmement solides et que pour se protéger, ils doivent compter sur eux » ».

Les crises politiques ont eu un impact sur la gestion sanitaire au départ dans deux dictatures où le peuple se révoltait, en Algérie et en Guinée, deux pays où le pouvoir tente maintenant de profiter de la pandémie pour écraser la contestation. Bien que ce soit assez subjectif à ce stade, la mauvaise gestion sanitaire se remarque sans doute particulièrement au Burundi, aux Comores, en Tanzanie et au Nord du Nigéria. Parmi les Etats faillis, la Somalie, commence à être en difficulté, mais la Libye en guerre et la Centrafrique arrivent encore à gérer l’épidémie en démarrage, le contrôle diminuant en Centrafrique. En Tanzanie, la mauvaise gestion et la sous-évaluation du nombre de cas se constatant lors de tests à la frontière au Kenya, le 17 mai, le Kenya a fermé sa frontière avec la Tanzanie et la Somalie.

De manière discrète, l’OMS joue un grand rôle avec l’aide du Programme alimentaire mondial (PAM) qui aide à la livraison de fournitures médicales et travaille à mettre en place « l’ossature logistique des efforts mondiaux de Covid-19 » basée sur « des plates-formes régionales » et « une flotte de petits avions en attente pour transporter des marchandises et du personnel dans les pays prioritaires ». Selon António Guterres le 19 mai : « Les vols de solidarité de l’ONU ont permis d’acheminer des millions de kits de dépistage, de masques et d’autres équipements, à travers pratiquement tout le continent ». L’envoi de matériel de test est particulièrement stratégique.

L’Union africaine (Ua) est aussi très active en particulier au travers de son Centre africain de prévention et de contrôle des maladies (CDC). Son directeur, le Docteur John Nkengasong, le 20 mai alerte sur le manque de tests : « 1,3 million de tests seulement ont été réalisés sur une population de près de 1,3 milliard d’habitants. Il en faudrait dix fois plus. » et l’UA espère atteindre cet objectif d’ici « deux à trois mois ».

Globalement en Afrique, la gestion sanitaire de la pandémie a été jugé par beaucoup correcte parce qu’elle a permis de ralentir le démarrage et que ce ralentissement a laissé et laisse encore quelques semaines de préparations supplémentaires aux hôpitaux. Mais le piège du coronavirus est que « quand les malades arrivent à l’hôpital, c’est qu’il y a déjà eu une transmission importante dans la population » selon le docteur Ibrahima Socé-Fall, sous-directeur général chargé des interventions dans les situations d’urgence à l’OMS. Selon lui, le 19 mai, « Nous voyons que certains des pays qui avaient mis en place un confinement commencent à le lever. Ils ont procédé à une analyse de risque, mais cela ne signifie pas qu’ils aient réellement maîtrisé la dynamique de l’épidémie, qu’ils soient capables de prendre en charge les cas additionnels et qu’ils aient les capacités de détection et de suivi des contacts. »

 

Effet de la pyramide des âges sur l’épidémie

La jeunesse de la population africaine est partout invoquée. Frédéric Bobin dans Le Monde du 5 mai écrit : « Le facteur ‘jeunesse’ est aussi souvent invoqué pour expliquer la faculté de l’Afrique à faire front. Le taux de létalité du Covid-19 sur le continent (4,4 %), inférieur à la moyenne mondiale (6,9 %), n’est sûrement pas étranger au fait que l’Afrique est la région la plus jeune de la planète, avec un âge médian (19,7 ans) plus de deux fois inférieur à celui de l’Europe (42,5 ans). Ce facteur « jeunesse » explique aussi les variations au sein même du continent. » Le journaliste ajoute : « La faible disponibilité des tests diagnostiques sur le continent (9 pour 10 000 habitants, contre 200 en Italie, selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS) laisse en effet des pans entiers de la population hors d’atteinte des statisticiens, notamment au sein d’une jeunesse généralement asymptomatique. »

Dr Elisabeth Carniel, directrice du Centre Pasteur du Cameroun explique dans Ouest-France le 16 mai : « La forme asymptomatique, la plus répandue chez les jeunes, est moins contagieuse. Tout simplement, parce que les malades asymptomatiques ne toussent pas et que la toux est le vecteur de la transmission le plus important. » La jeunesse de la population pourrait donc jouer sur la vitesse de propagation, dans une certaine mesure, si la population est bien informée, car l’invisibilité de la maladie en Europe a été souvent à l’inverse considérée comme un vecteur de propagation. Le 12 mai, Jean Sibilia, doyen de la faculté de médecine de Strasbourg, qui vient de souligner que les connaissances évoluent chaque jour (5’30): « On sait, et, c’est étonnant, et, mais nous n’avons pas d’explication que les enfants transmettent beaucoup moins que les adultes. Pourquoi ? Parce qu’ils ne sont pas symptomatiques ? Peut-être qu’ils ne toussent pas ? Peut-être qu’ils ne transmettent pas de la même façon ? » Des études sont en cours pour confirmer les hypothèses.

La carte du site ‘ourworldindata.org’ ‘Taux de létalité du COVID-19 par rapport à l’âge médian’ rappelle aussi que l’Afrique est le continent largement le plus jeune mais avec des taux de létalité nationaux comparables à ceux du reste du monde.

En Afrique même, il y a 24 ans d’écart entre le pays à plus faible et le pays à plus grande espérance de vie. Il y a donc entre les pays à la plus faible et à la plus grande espérance de vie une nette différence en nombre de personnes âgés, par exemple de plus de 60 ans. Il est possible de comparer les taux de létalité et de guérison de ces deux catégories de pays, en ne conservant que des pays avec assez de malades, par exemple un minimum de 300.

 

Comparaison des données épidémiologique des pays à faible ou haute espérance de vie, Marzin, 21.5.20

Dernier Fin Espérance Incidence BCG Incidence
taux Epidémie ? Taux de de vie Tuberculose 1 an Paludisme
Pays J0(P0) létalité Cas Décès  Fin guérisons 2018 cas sur 100 000 2015 pr1000pers.à risque
6 pays à espérance de vie > 68 ans à plus de 300 cas
Algérie 25.2 7,53 7542 568 52,61 77 69 99% 0
Maroc 2.3 2,72 7133 194 57,45 77 99 99%
Tunisie 2.3 4,50 1045 47 29.4-20.5 : plateau 1000 cas 82,49 76 35 97%
Maurice 18.3 3,01 332 10 12.5 12.5 0 actif / 332 96,99 76 93 98%
Égypte 14.2 4,78 14229 680 28,07 73 12 96%
Cap-Vert 20.3 0,86 349 3 24,36 73 46 94% 3
8 pays à espérance de vie <60 ans à plus de 300 cas
Somalie 16.3 3,88 1573 61 11,95 53 262 39% 37
Zambie 18.3 0,84 832 7 23,68 53 346 99% 203
Niger 19.3 6,30 920 58 80,22 56 87 77% 359
RDC 10.3 3,52 1731 61 17,45 58 321 74% 308
Tchad 22.3 10,09 565 57 31,33 58 142 70% 189
Nigeria 28.2 3,00 6677 200 27,56 59 219 68% 281
Cameroun 6.3 3,91 3733 146 42,73 59 186 74% 304
Sierra Leone 31.3 5,96 570 34 35,96 59 298 90% 380

 

Avec un grand nombre d’anciens, l’Île Maurice est le premier pays africain à en terminer avec l’épidémie le 12 mai. Il n’y a plus de cas actifs après 332 cas. Le taux de létalité est resté à 3,01%. En dehors de 2 îles, les plus hautes espérances de vie sont concentrées en Afrique du Nord en Algérie, au Maroc, en Tunisie et en Egypte. Ces quatre pays sont en nombre de cas parmi les plus touchés en Afrique, Egypte 2e, Algérie 3e, Maroc 4e, et Tunisie 17e pays en nombre de cas. Les taux de létalité sont assez élevés en Afrique du Nord. Le Monde du 5 mai précise encore : « L’Afrique subsaharienne enregistre ainsi un taux de létalité (2,5 %) très inférieur à celui de l’Afrique du Nord (7,2 %), un décalage qui n’est pas sans lien avec la plus grande jeunesse de la première (âge médian de 18,7 ans, contre 25,5 ans). » Le taux de létalité algérien a baissé entre le 14 avril et le 21 mai de 15,78% à 8,61%. Ce qui est en cause, c’est le faible nombre de tests et dans une moindre mesure des difficultés de gestion hospitalière. Le taux égyptien très stable autour de 7,50% entre le 12 et le 23 avril est, lui, descendu à 4,78% le 21 mai. Le faible taux de guérison de l’Egypte (28,07%) se remarque d’autant plus que le pays est entré un mois avant l’essentiel de l’Afrique dans la pandémie. La Tunisie, au contraire, a déjà 82,49% de guéris et maintient depuis deux semaines son nombre de cas autour de 1000, ce qui indique que le taux de guérison va encore augmenter prochainement. Les données assez négatives de l’Afrique du Nord ne sont pas exemptes de contradictions.

Les 8 pays à plus faible espérance de vie, en dessous de 60 ans, n’ont pas des taux de létalité faibles. Ils sont comparables à ceux des pays à forte espérance de vie. Il y a aussi des morts dans les pays à population plus jeune. Le Nigéria, 3e pays touché (28 février) et 5e en nombre de cas le 21 mai présente un taux de guérison assez bas de 27,56% plus bas que celui de l’Egypte. La quantité de personnes au-dessus de 60 ans dépend de la richesse du pays et des moyens accordés aux systèmes hospitaliers. L’état de santé général moyen des populations est moins bon dans les pays pauvres comme il est moins bon en France dans le département le plus pauvre, la Seine-Saint-Denis, ce qui peut participer parmi d’autres facteurs à la surmortalité du Covid-19 (Ors-Idf-p6+27). Jeunesse de la population et faiblesse des moyens de santé se côtoient et inversement vieillissement de la population et augmentation des moyens de santé s’observent dans les mêmes pays. Il est possible et même probable que dans une certaine mesure les 2 facteurs s’équilibrent. La jeunesse de la population ne garantit pas une moindre quantité de décès au Covid-19 si le système hospitalier est trop limité. Et s’il y a plus d’anciens, ils seront mieux soignés. Ainsi, le taux de létalité ne grimpe pas de manière automatique en fonction de la quantité d’anciens.

Egypte, Algérie, Tunisie, Maroc donne l’impression d’une forte corrélation entre espérance de vie et nombre de cas, mais les chiffres de début mai restent trompeurs. La différence principale entre Afrique du Nord et Afrique subsaharienne est sans doute d’abord dans la date d’entrée dans l’épidémie. L’Egypte est le 1er pays (14.2), l’Algérie le 2e (25.2) le Maroc 4e (2.3) et la Tunisie 5e (2.3) pays touché. Les pays d’Afrique du Nord ont plus été atteints par l’effet de surprise qui limite la préparation et augmente le nombre de clusters de départ. L’Afrique subsaharienne contient beaucoup plus de pays touchés plus tard, qui ont eu plus de possibilité de contenir l’épidémie au démarrage.

Il est donc important de ne pas surévaluer le critère de l’âge moyen de la population. La « jeunesse de la population » ne protégera pas de manière automatique l’Afrique. Il y a toujours assez de personnes assez âgées et dans un état général de santé insuffisant, pour que le nombre de cas graves puisse grandir, en fonction d’autres facteurs, beaucoup de pays n’étant encore qu’en phase de démarrage. Le 20 mai, le Docteur John Nkengasong, directeur du Centre africain de prévention et de contrôle des maladies (CDC), prévient et met en garde : « Le nombre de morts a augmenté de 30 % en une semaine », juste avant le 20 mai.

 

Classement des pays africains selon les taux de létalité et de guérison

Les données ont des apparences trompeuses, surtout quand on oublie de comparer les dates de démarrages nationaux des épidémies. Pour évaluer l’évolution de la pandémie dans les différents pays, il est possible de repartir des taux de létalité et de guérison sur toute l’Afrique et de comparer ces mesures, même s’il y a des doutes sur leurs qualités dans certains pays, y compris pour le taux de létalité. Selon Dominique Costagliola, directrice de recherche à l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), lors d’une Conférence de l’Académie des sciences de l’Institut de France (54’30), qui doit penser à l’Europe, « le seul indicateur évalué de la même façon, c’est l’excès de mortalité » a posteriori. Pour comparer les pays, à partir du moment où les stratégies de dépistages et les quantités de tests disponibles sont différentes selon les pays, les taux d’excès de mortalité sont au final les indicateurs les plus fiable, mais, en Afrique, ils ne seront pas disponibles avant longtemps, s’ils le sont un jour, et, l’étude de l’épidémie en Afrique est urgente. Les seules données disponibles sont donc les données fournies quotidiennement par les ministères de la santé ou commissions dédiées de tous les pays de manière à peu près uniforme dans la communication, les 4 indicateurs que sont le nombre de cas cumulés, de cas actifs, de décès cumulés et de guérisons cumulées, la sommes des 3 derniers correspondant au premier, même si les communications nationales cachent des différences de mesures surtout sur le nombre de guérisons et donc de cas actifs.

Les pays en évolution positive

Comparaison des pays à plus bas et hauts taux de létalité et de guérison en Afrique, R.Marzin, 21.5.20

  1. Pays qui ont des « facilités » par rapport au covid-19
Dernier Fin Esp Incidence BCG Incidence
taux Epidémie ? Taux de de vie Tuberculose 1 an Paludisme
Pays J0(P0) létalité Cas Décès  Fin guérisons 2018 cas sur 100 000 2015 pr1000pers.à risque
4 pays à plus de 300 cas aux plus bas taux de létalité <0,5%
Centrafrique 14.3 0,00 418 0 4,31 53 540 74% 387
Rwanda 14.3 0,00 314 0 68,79 65 59 99% 506
Djibouti 18.3 0,49 1828 9 57,55 64 260 92% 0
Ghana 13.3 0,49 6269 31 30,28 67 148 97% 271
Madagascar 20.3 0,54 371 2   35,31 67 233 70% 91
Guinée Bissau 25.3 0,55 1089 6   3,86 61 361 94% 58
4 pays à plus de 300 cas aux plus forts taux de guérison
Maurice 18.3 3,01 332 10 12.5 12.5 0 actif / 332 96,99 76 93 98%
Burkina Faso 9.3 6,43 809 52 21.5 96 actifs / 809, 81,71 62 48 98% 412
Tunisie 2.3 4,50 1045 47 29.4-20.5 : plateau 1000 cas 82,49 76 35 97%
Niger 19.3 6,30 920 58 80,22 56 87 77% 359

Dans les chiffres officiels, quelques pays se remarquent en raison de taux de létalité très bas. Le seuil de 300 cas n’est peut-être pas encore suffisant pour que les taux du Rwanda et la Centrafrique, sans aucun décès officiellement, soient représentatifs. Un décès caché ou oublié suffirait à faire oublier le taux nul. C’est pourquoi, Djibouti, le Ghana et la Guinée Bissau sont des cas plus intéressants avec à Djibouti 9 décès sur 1828 cas au 21 mai (0,49%), au Ghana, 31 décès sur 6229 cas (0,49%) et en Guinée Bissau, 6 décès sur 1089 cas (0,55%). A Djibouti, pays connu pour abriter des bases étrangères dont celles de la Chine, de la France et celle des USA, le taux de guérison et de 57,55%. Ce pays a pour caractéristique d’avoir fait beaucoup de tests assez tôt avec l’aide de « l’Allemagne et la Turquie, puis grâce au milliardaire chinois Jack Ma », au point qu’au 19 avril il détenait le maximum de nombre de tests par habitant en Afrique (21448 par Millions d’habitants au 21.5). Le nombre de tests élevés baissent son taux. Le Ghana fait lui aussi beaucoup de tests (6063) mais la Guinée Bissau n’en fait pas beaucoup (764), ce qui signifie que la Guinée Bissau est exceptionnelle au niveau décès.

Parmi les pays à taux de guérison élevé, l’Ile Maurice est devenu le 12 mai, le premier pays à vaincre l’épidémie avec un bilan de 10 décès sur 332 cas, soit un taux de létalité définitif de 3,01%. Six cas ont tous guéri au Sahara Occidental le 14 mai. Le 15 mai, l’Erythrée a dit avoir guéri ses 39 malades. Et le 19 mai, les Seychelles ont annoncé la guérison de ses 11 malades. Ces quatre pays, facilement isolables, ont tout simplement réussi à bloquer l’épidémie au démarrage. La Namibie au curseur à 16 cas depuis le 5 avril devrait être le pays suivant. La Gambie, qui compte actuellement 13 malades actifs sur 24 cas, pourrait suivre.

Le 21 mai, le Burkina Faso n’annonce plus que 96 cas actifs sur 809 et un taux de guérison à 81,71%. Dès la mi-avril, le nombre de cas supplémentaires chaque jour a baissé et le nombre de cas actifs s’est mis a baissé rapidement. Les causes de la faiblesse de l’épidémie au Burkina Faso ne sont sans doute pas encore mises en évidence, alors que le taux de létalité de ce pays est paradoxalement élevé à 6,43%. Si ce n’est pas juste dû à un manque de tests (non communiqué), peut-être que bonne gestion sanitaire, participation active de la population bien innervée par un réseau associatif très vivant, surveillance critique très active de l’opposition politique, qualité des soins et choix des traitements, sont des facteurs déterminants. Le Niger partage ce même paradoxe du taux de guérison élevé (80,22%) et du taux de décès élevé (6,30%) pour des raisons aussi peu explicites, si ce n’est le faible nombre de tests (247 par millions d’habitants), avec également une augmentation progressive du taux de létalité, quand les taux baissent dans presque tous les pays. Le Mali a une courbe de létalité proche de celle du Burkina Faso et du Niger mais n’a lui que 58,32% de guérison et est peut-être dans le même paradoxe puisque les critères de guérisons sont variables d’un pays à l’autre. Depuis fin avril, la Tunisie n’a que très peu de nouveaux cas, ayant atteint un plateau autour de 1000 cas, et le taux de guérison augmente régulièrement atteignant déjà 82,49%.

Les pays en évolution inquiétante

  1. Pays en difficulté sur un aspect (Paradoxe au Burkina Faso et Niger : forte létalité et forte guérison)
Dernier Fin Esp Incidence BCG Incidence
taux Epidémie ? Taux de de vie Tuberculose 1 an Paludisme
Pays J0(P0) létalité Cas Décès  Fin guérisons 2018 cas sur 100 000 2015 pr1000pers.à risque
6 pays à plus de 200 cas aux plus forts taux de létalité (>6% ou proche)
Tchad 22.3 10,09 565 57 31,33 58 142 70% 189
Libéria 16.3 9,66 238 23 53,78 64 308 74% 193
Algérie 25.2 7,53 7542 568 52,61 77 69 99% 0
Burkina Faso 9.3 6,43 809 52 21.5 96 actifs / 809 81,71 62 48 98% 412
Niger 19.3 6,30 920 58 80,22 56 87 77% 359
Sierra Leone 31.3 5,96 570 34 35,96 59 298 90% 380
4 pays à plus de 200 cas aux plus bas taux de guérison = 4 pays où les taux de létalité sont aussi très bas ou assez bas
Sud Soudan 5.4 1,18 339 4 1,18 57 146 43% 142
Sao Tomé-et-Principes 7.4 3,10 258 8 1,55 66 124 97% 11
Guinée équatoriale 14.3 0,79 890 7 2,47 65 201 48% 343
Guinée Bissau 25.3 0,55 1089 6 3,86 61 361 94% 58
Centrafrique 14.3 0,00 418 0 4,31 53 540 74% 387

Certains pays ont des taux de guérison anormalement bas et qui n’augmentent pas assez vite. Il y a une inquiétude à avoir pour ces pays, en tenant compte que, cependant, ces pays ne montrent pas des taux de létalité élevés. Les malades « actifs » le restent longtemps. Tous les pays n’appliquent pas les mêmes règles pour déclarer « guéris » des malades, et, on peut se demander si les chiffrages ne s’éloignent pas trop d’un chiffrage normal. Au 21 mai, le Sud Soudan n’a que 4 guéris sur 339 (1,18%) et 4 morts (1,18%) et Sao-Tomé-Et-Principe n’a que 4 guéris sur 258 (1,55%) et seulement 8 morts (3,10%). Officiellement, la Guinée équatoriale n’a que 22 guéris sur 890 (2,47%) et 7 morts (0,79%), la Guinée Bissau n’a que 42 guéris sur 1089 (3,86%) et 6 morts (0,55%), la Centrafrique n’a que 18 guéris sur 418 (4,31%) et aucun décès.

Trois pays en début de pandémie sont dans des situations inquiétantes : le nombre de cas augmente régulièrement et les taux de létalité sont très élevés pour l’Afrique au Tchad à 10,09% le 21 mai, au Libéria à 9,66%, et dans une moindre mesure en Sierra Leone à 5,96%. On peut craindre dans ces pays un plus grand nombre de morts à venir. Le Tchad a actuellement le taux de létalité le plus élevé en Afrique, sans que l’on sache exactement pourquoi, les hôpitaux n’étant pas débordés. L’évolution pourrait être proche de celle de l’Algérie, avec une croissance du nombre de cas et de cas grave pendant plusieurs semaines, un pic avec saturation ou grande difficulté du système hospitalier avant une amélioration si la population respecte les exigences de protection. Le Libéria et la Sierra Leone sont comme le Tchad en début d’épidémie inquiétante même si les taux devraient baisser.

L’Algérie est le pays qui a eu le plus de difficultés avec une longue phase de taux de taux de létalité élevé, jusqu’à 15,78% le 14 avril. En Algérie et en Egypte, les deux pays qui annoncent plus de 500 morts, respectivement, 568 et 680 sur 2990 en Afrique le 21 mai, les taux de létalité baissent mais restent élevés, 7,53% et 4,78% au 21 mai. Cette baisse de létalité et la perspective en nombre de morts dans ces pays pour l’instant, montrerait que même dans les pays les plus touchés, on resterait dans une perspective de nombres de morts largement inférieurs à ceux de l’Europe.

 

Hypothèse d’une influence de la vaccination par le BCG et de l’incidence de la tuberculose et du paludisme

Le 16 mai, Ouest-France résume une opinion très souvent exprimée à propos de l’Afrique : « La résistance des populations aux maladies serait la clé de la lente propagation du Covid-19 » en citant Almoustapha Maïga, chef du département de biologie médicale de l’hôpital Gabriel-Touré, à Bamako, pour qui « : « Les gens ont été exposés dès leur naissances à différents agents pathogènes participant à la stimulation des défenses immunitaires. » Cette hypothèse simple ne correspond pas à une démonstration scientifique déjà établie.

Après quelques semaines de recul sur le début de l’épidémie en Europe et aux Etats-Unis, à partir du 25 mars et d’un article de Université McGill de Montréal, des chercheurs émettent des hypothèses sur un rôle protecteur de la vaccination BCG ou d’un contact plus fréquent avec les agents pathogènes de la tuberculose (bacille) ou du paludisme (parasite). Le 28 mars, les chercheurs américains du New York Institute of Technology (NYIT), Aaron Miller, Mac Josh Reandelar, Kimberly Fasciglione, Violeta Roumenova, Yan Li, Gonzalo H Otazu concluent une étude sur le BCG et le Covid-19 en disant (traduction de l’auteur) : « Nous avons comparé sur un grand nombre de pays, les politiques de vaccination BCG avec la morbidité et la mortalité pour COVID-19. Nous avons constaté que les pays ne disposant pas de politiques universelles de vaccination par le BCG (Italie, Pays-Bas, États-Unis) ont été plus gravement touchés que les pays dotés de politiques universelles et de longue date par le BCG. Les pays qui ont mis en place tardivement une politique universelle du BCG (Iran, 1984) avaient une mortalité élevée, cohérente avec l’idée que le BCG protège la population âgée vaccinée. » En France, les chercheurs Laurent Lagrost et Didier Payen, respectivement Directeur de recherche à l’Inserm et Professeur émérite à l’Université Paris 7, ancien chef de service à l’hôpital Lariboisière à Paris, écrivent également le 28 mars : « les ressortissants hors UE de Lombardie ne présenteraient pas de formes sévères et d’atteintes pulmonaires, seulement des symptômes grippaux « classiques » lorsqu’ils sont infectés par le SARS-CoV-2. Comme les français, les italiens ne sont plus vaccinés contre la tuberculose. La perte d’immunité pourrait concerner tout particulièrement les personnes âgées qui, parfois, non pas été vaccinées avec le BCG depuis plus de 40 ans. Les ressortissants non-UE de Lombardie ont, eux, tous reçus une couverture vaccinale contre la tuberculose comme exigée à l’entrée sur le territoire. » A partir de début avril, des recherches avec essais cliniques sont programmées.

Les hypothèses se basent sur des connaissances scientifiques qui sont en train de connaître de rapides progrès mais ne sont pas encore suffisamment avancées. Le 16 avril, le professeur d’immunologie à l’université Pierre-et-Marie Curie, membre titulaire de l’Académie de médecine, Patrice Debré explique à l’Assemblée Nationale française : « Trois stratégies ont cours en matière de vaccins. Deux sont ‘historiques’, construites autour de deux types de vaccins : ceux qui préviennent les infections et luttent contre les pathogènes – par exemple le vaccin contre la poliomyélite – et ceux qui luttent contre la maladie, contre les conséquences du pathogène – par exemple les vaccins contre la diphtérie ou le tétanos. Les recherches actuelles de vaccins contre le coronavirus empruntent ces deux directions, une majorité relevant de la lutte contre le pathogène. Une troisième direction est née de l’hypothèse d’efficacité du BCG ; elle est intéressante car elle ouvre sur une dimension de l’immunologie qui a été relativement négligée jusqu’ici. Il existe deux types de défenses immunitaires : les défenses innées, qui préexistent à toute introduction d’un pathogène dans l’organisme, et les défenses acquises, qui s’installent après une telle introduction. On sait que 95 % des vertébrés n’ont que des défenses innées ; seuls 5 % des vertébrés, dont l’homme, bénéficient aussi de la capacité de développer des défenses acquises. Le BCG stimule l’immunité innée en l’absence de pathogène ; cette vaccination a donc un mode d’action très différent de la vaccination anti-grippale, qui crée une défense acquise, une immunité adaptative (a priori, on n’attend donc pas d’une vaccination anti-grippale qu’elle protège contre le coronavirus). La voie du BCG est intéressante et assez facile car le vaccin est disponible depuis longtemps, de nombreuses personnes dans le monde sont déjà immunisées… Des travaux récemment conduits en Afrique du Sud ont montré que les personnes immunisées par le BCG sont protégées de certaines affections respiratoires, mais ces travaux ne concernaient pas le Covid-19. Plusieurs protocoles relatifs au coronavirus ont débuté, notamment en Australie et en France, ou sont projetés. La voie du BCG sera probablement la plus rapide, mais sans doute insuffisante et incomplète. » Laurent Lagrost explique[3] : « Quand nous parlons BCG, nous parlons d’un bacille atténué, vivant et hébergé. Il a probablement un double effet, sur l’immunité adaptative et sur l’immunité innée. On pensait cette dernière relativement figée, mais elle peut être entraînée ou éduquée (« trained immunity »). Quand on vaccine avec le BCG, on produit probablement, et au moins, 2 effets majeurs : 1) un effet sur l’immunité acquise avec notamment la mémoire lymphocytaire qui pourrait perdurer assez longtemps (plusieurs dizaines d’années) et protéger de la maladie tuberculose ; 2) l’immunité entraînée et non-spécifique (au-delà de la protection spécifique contre la tuberculose). C’est celle-là qui pourrait protéger de la Covid-19. » Sur la durée de l’effet de l’entrainement d’une immunité innée non-spécifique par le BCG qui passerait par des « cellules immunitaires innées, notamment les monocytes, macrophages et cellules dendritiques », il n’y a pas encore de réponse, et, il se pourrait qu’il soit plus court que l’effet sur l’immunité acquise, ce qui pourrait peut-être créer un lien supplémentaire entre l’âge et l’effet du BCG.

Laurent Lagrost et Didier Payen précisent encore le 28 mars : « La mémoire immunitaire BCG pourrait-elle ainsi contribuer à diminuer le nombre des patients avec des formes sévères ou critiques, aujourd’hui admis en nombre croissant à l’hôpital ? … Avec cet entraînement du système immunitaire inné, la Covid-19 ne serait pas ainsi éradiquée, seulement atténuée. Mais sa férocité pourrait, peut-être, ainsi être enfin domptée. » A la différence d’un vaccin totalement protecteur, l’hypothèse envisage une utilité du vaccin au niveau de la gravité de la maladie et finalement aussi de la propagation, en raison de la moindre toux.

Le chercheur Laurent Lagrost[4] retient 4 arguments principaux en faveur du BCG : « 1- Les observations physiopathologiques, notamment dans des modèles animaux, qui sont en faveur de l’immunité entraînée et du contrôle de la réponse inflammatoire grâce au BCG… 2- Les données des études cliniques antérieures qui montrent que la vaccination BCG de la population protège contre d’autres affections que la tuberculose, notamment respiratoires. 3- Les données « écologiques » qui montrent en effet la corrélation négative entre pratique vaccinale BCG et incidence des formes sévères de la Covid-19 (cf NYIT). 4- Les comparaisons multiples de modèles « quasi-expérimentaux » dans lesquels, de fait, on fait disparaitre certains facteurs de confusion (notamment climat, niveau de vie, système de soin, décisions politiques…). » Selon le chercheur, ces arguments ne permettent pas encore de conclure et « et seuls les essais randomisés, avec groupe traité et groupe placebo, apporteront une réponse définitive ».

Le 28 mars, Laurent Lagrost et Didier Payen se questionnent sur l’Afrique : « Pour les autres pays, notamment l’Afrique (en particulier l’Afrique du sud), la sévérité de la maladie, évaluée par exemple sur la base du taux de mortalité, semble beaucoup plus faible que ce qui est rapporté pour la plupart des pays européens. La prévalence de la tuberculose dans la population y est très élevée et les habitants des townships semblent très peu touchés par les formes critiques de la maladie. » Si les recherches devaient être concluantes, elles devraient aussi correspondre à des observations et des corrélations au niveau de l’impact de l’épidémie en fonction des facteurs que sont les niveaux de vaccination au BCG et l’incidence de la tuberculose. D’autres chercheurs se sont aussi posé la même question sur l’incidence du paludisme.

Cependant, quelles que soient les observations et les corrélations possibles sur le BCG, il faut attendre les résultats des études scientifiques médicales « avec critères d’inclusion et d’exclusion, randomisation des effectifs, groupe traité versus groupe contrôle, critères de jugement, etc… » Une de ces études a été lancé en Afrique du sud à la mi-mai sur une population de cinq cents soignants.

Fin mars et début avril, les épidémies ne faisaient que démarrer en Afrique et les données qui ne concernaient que très peu de cas n’étaient pas encore utilisables pour comparer les pays en fonction des niveaux de vaccination au BCG et de l’incidence de la tuberculose ou du paludisme. Environ sept semaines plus tard, une première phase de recul permet de réétudier les hypothèses.

Basse ou haute incidence de la tuberculose et du paludisme, taux de vaccination au BCG. RM, 21.5.20

Dernier Fin Esp. Incidence BCG Incidence
taux Epidémie ? Taux de de vie Tuberculose 1 an Paludisme
Pays J0(P0) létalité Cas Décès guérisons 2018 cas sur 100 000 2015 pr1000pers.à risque
1 pays à plus de 300 cas où la vaccination par le BCG est plus importante (le seul en Afrique)
Tunisie 2.3 4,50 1045 47 29.4-21.5 : plateau 1000 cas 82,49 76 35 97%
2 pays à plus de 300 cas où la vaccination par le BCG est moins importante (parmi les 3 pays à moindre vaccination)
Guinée équatoriale 14.3 0,79 890 7 2,47 65 201 48% 343
Somalie 16.3 3,88 1573 61 11,95 53 262 39% 37
4 pays à plus de 300 cas à plus forte incidence de tuberculose (>350 cas sur 100 000)
Gabon 13.3 0,77 1567 12 23,29 68 525 98% 169
Afrique du Sud 5.3 1,88 18003 339 49,71 64 520 69% 4
Congo B 15.3 3,57 420 15 31,43 60 375 85% 198
Guinée Bissau 25.3 0,55 1089 6 3,86 61 361 94% 58
5 pays à plus de 300 cas à plus forte incidence de paludisme (> 370 pour 1000 personnes à risque)
Rwanda 14.3 0,00 314 0 68,79 65 59 99% 506
Burkina Faso 9.3 6,43 809 52 21.5 96 actifs / 809 81,71 62 48 98% 412
Mali 25.3 5,91 931 55 58,32 61 53 79% 386
Sierra Leone 31.3 5,96 570 34 35,96 59 298 90% 380

 

Les 4 pays à plus de 300 cas ayant les plus grandes incidences de tuberculose selon les chiffres de la Banque mondiale en 2018, Gabon (525 cas sur 100 000), Afrique du Sud (520), Congo Brazzaville (375), Guinée Bissau (361) ont un taux de létalité pour l’instant plutôt faible, Gabon 0,77%, Afrique du Sud 1,88%, Congo Brazzaville 3,57%, Guinée Bissau 0,55%, sans avoir de taux de guérison encore élevés, Gabon 23,29%, Afrique du Sud 49,71%, Congo Brazzaville 31,43%, Guinée Bissau 3,86%. Une différence avec les autres pays n’apparaît pas clairement dans les données.

Les 4 pays à plus de 300 cas, ayant les plus fortes incidences de paludisme en 2017 selon les données de l’OMS reprises par la Banque mondiale, sont le Rwanda (506 cas pour 1 000 personnes à risque), le Burkina Faso (412), le Mali (386) et la Sierra Leone (380). Les deux premiers pays s’en sortent assez bien actuellement, le Rwanda avec 0 décès sur 314 cas et un taux de guérison de 68,79%. Les 2 pays suivants connaissent le même paradoxe, le Burkina Faso avec 81,71% de guérison au 74e jour et 6,43% de décès sur 809 cas et le Mali avec 58,32% de guérison au 58e jour et 5,91% de décès sur 931 cas. Le 4e pays, la Sierra Leone est actuellement en difficulté, avec 570 cas, 5,96% de létalité et 35,96% de guérison. Parmi les pays suivants au niveau incidence du paludisme, RDC (308) est en position difficile (létalité 3,52%, guérison 17,45%), le Cameroun (304) en position moyenne (3,91%, 42,73%), le Nigéria (281) en en position assez difficile (3,00%, 27,56%), Ghana (271) en position paradoxale (0,49%, 30,28%). Ces chiffres ne permettent pas de dire que l’incidence du paludisme joue favorablement sur le Covid-19.

Les 6 pays à plus de 300 cas ayant les plus faibles taux de létalité, Centrafrique (0%), Rwanda (0%), Djibouti (0,49%), Ghana (0,49%), Madagascar (0,54%), Guinée Bissau (0,55%), ont des taux d’incidences suivants : Centrafrique (tuberculose : 540 cas sur 100 000, paludisme 387 cas pour 1 000 personnes à risque), Rwanda (59,506), Djibouti (260, 0), Ghana (148,271), Madagascar (233,91), Guinée Bissau (361, 58). Seule la Centrafrique est concernée aux plus hauts niveaux par les deux maladies et ne déclare encore aucun décès sur 418 cas, mais avec seulement 4,31% de guérisons. Si ces maladies interviennent, d’autres facteurs interviennent sans doute. Djibouti qui se démarque par un taux de létalité à 0,49% et un taux de guérison de 57,55 a aussi une incidence assez forte de tuberculose, sans que ce facteur puisse être considéré comme indiscutablement déterminant.

*

Dans les années 50, l’OMS a commencé à conseiller la vaccination avec le BCG mis au point en 1921. La vaccination s’est accélérée au niveau mondial après 1974 date de « son introduction dans le Programme élargi de vaccination de l’OMS » (p33). L’OMS recommande de vacciner dès que possible après la naissance, et les pays fournissent des taux de vaccination à 1 an. L’Afrique est en zone de recommandation forte au contraire de l’Europe récemment. Les taux disponibles en Afrique le sont à partir du début des années 80. La vaccination a commencé dans une majorité de pays africain au début des années 80 et s’est diffusée dans chaque pays progressivement. De 9% des enfants en 1980, le taux de vaccination est passé à 46% en 1985, puis à 75% en 1990, est redescendu à 67% en 1995, 63% en 1997, pour remonter à 69% en 2000, 75% en 2005, 83% en 2010 et se stabiliser autour de 80% en 2015. (Source : Excel ourworldindata.org / Tuberculosis vaccine (BCG) / data).

Quelques rares pays ont effectué des rappels de BCG aux enfants plus âgés, mais il y a très peu de rappels de vaccination inventoriés en Afrique selon la base de données en ligne de 2011 BCG Word Atlas et s’ils existent ils ne sont pas bien inventoriés. Le Nigéria avait prévu en 2011 de commencer des rappels. L’Afrique du sud et la Zambie ont arrêté les rappels. Le Sénégal vaccine « Travailleurs de la santé, étudiants en médecine, militaires ».

En résumé, le BCG entre 0 et 1 ans se fait à peu près partout en Afrique. Une grande partie de la population de moins de 40 ans a été vaccinée et ce sont surtout les moins de 30 ans qui ont été vaccinés. Quelques pays ont commencé à vacciner plus tôt, la Tunisie en 1928, le Rwanda en 1956, l’Afrique du Sud en 1973, la Tanzanie en 1975, le Soudan en 1976 et quelques pays plus tard, par exemple la Sierra Leone en 1990 (BCG Word Atlas). Plusieurs souches de différents fabricants sont utilisées et le plus fréquent est le BCG du Statens Serum Institute au Danemark.

Trois pays sont à la traine, la Guinée équatoriale (48% des enfants de moins de 1 an en 2015), Somalie (39%) et le Sud Soudan (43%). Sud Soudan et Somalie sont des « Etats faillis » en suite de guerre. Les pays à plus faible vaccination suivants ont déjà des taux trop élevés pour qu’ils puissent être étudiés, le Nigéria, 68% en 2015, l’Afrique du Sud, 69% seulement qui était à 97% en 1997 avant que le VIH ne pousse à limiter la vaccination.

Le Sud Soudan, pays à 57 ans d’espérance de vie, avec 339 cas au 21 mai, affiche des taux paradoxaux, 1,18% de décès et 1,18% de guérison. Dans ce pays très longtemps en guerre, l’épidémie touche peut-être plus la partie de la population la plus vaccinée du pays autour de la capitale, car les déplacements et l’administration étatique ouverte sur le monde se trouve a priori plus dans un espace autour de la capitale au contraire des zones de rébellions, et, cela peut enlever tout intérêt au cas, comme exemple de zone peu vaccinée. La Guinée Equatoriale, pays riche en PIB et forte dictature, compte au 21 mai 7 décès sur 890 cas (0,79%) et seulement 2,47% de guérison, lui aussi de manière paradoxale, le premier indicateur étant très bon et le second très mauvais. En Somalie, il y a eu 61 décès pour 1573 cas (3,88%) et 11,95% de guérison. Parmi les pays paradoxaux, Sud Soudan et Guinée Equatoriale présente un paradoxe contraire du Burkina Faso et du Niger aux taux de létalité et de guérison élevés. Les malades restent malades longtemps au Sud Soudan et en Guinée Equatoriale.

Seule la Tunisie parmi les 56 pays se remarque vraiment par une vaccination plus forte avec le BCG, parce que le début de vaccination date de 1928, le caractère obligatoire de 1970, et qu’il y a des rappels. Au 16 mai, la Tunisie est dans une situation unique en Afrique. Depuis le 29 avril, le nombre de cas a presque arrêté d’augmenter, alors qu’il était déjà à environ 1000 cas. Il n’y a presque plus de nouveaux cas testés et très peu de morts depuis 1 mois, seulement 9 morts en 1 mois (du 21 au 21). Du coup, le taux de guérison augmente et se situe déjà à 82,49% le 21 mai. La Tunisie semble sur le point de prendre le dessus sur l’épidémie, après des débuts difficiles pour l’Afrique, ce qui pourrait se confirmer dans les 2 prochaines semaines. Si cela ne constitue pas une preuve de l’efficacité du BCG, il pourrait s’agir au minimum d’un élément tangible, car la Tunisie est en Afrique l’un des rares pays où une partie de la population âgée a été vaccinée. Le Rwanda où la vaccination a commencé en 1956, avec 314 cas, n’a lui aucun décès officiel et est à 68,79% de guérison et il faudra attendre un peu plus pour vérifier la tendance positive.

La comparaison de deux pays ou zones aux facteurs identiques sauf celui d’un paramètre permet d’avoir une idée de l’impact de ce paramètre en s’éloignant de l’argument corrélatif et en se rapprochant d’un modèle expérimental (« modèle quasi-expérimental »). Concernant le BCG, le fait qu’il y ait presque partout une bonne vaccination à 1 an complique la recherche de pays intéressants pour des comparaisons, d’autant plus que beaucoup de pays ne sont pas encore assez avancés dans la pandémie et qu’il y a beaucoup de paramètres. Il n’y a pas assez de différences historiques de politiques de vaccination en Afrique pour pouvoir faire des comparaisons simplement, à la différence d’autres parties du monde. La Tunisie qui se démarque le plus par une histoire de vaccination au BCG plus forte fait partie des pays qui semble évoluer positivement, sachant qu’il y a d’autres facteurs, qui peuvent jouer sur la comparaison de la Tunisie avec des pays voisins géographiquement, par exemple, la qualité de la gestion sanitaire, également par exemple. En choisissant de garder le facteur ‘espérance de vie’ constant et en enlevant les îles, il ne reste que les autres pays du Maghreb. Il est difficile de comparer avec l’Algérie et l’Egypte aux taux de létalités élevés pour des raisons plus sanitaires, et il ne reste que le Maroc.

En Tunisie, la vaccination date de 1928, le vaccin est fabriqué par l’Institut Pasteur de Tunis depuis 1928, la vaccination est obligatoire depuis 1970, des rappels à 12 et 18 ans ont été fait jusqu’en 1996 puis à 6 ans, la souche est celle de Pasteur (2011). Au Maroc, la vaccination s’est généralisée en 1981 après des débuts en 1967 pour s’améliorer en 1988, il n’y a pas de rappel et la souche la plus utilisée est celle du Statens Serum Institute au Danemark. Maroc et Tunisie sont comparables au niveau climat, niveau de vie, âge de la population, quantité de tests par habitants – un facteur qui joue sur le taux de létalité –, 3 370 par Millions en Tunisie, 2 441 par Millions au Maroc, confinement très durement contrôlé au même moment, un peu plus durement par l’armée au Maroc, démarrage de l’épidémie le même jour, le 2 mars, les enfants de moins de 1 an sont vaccinés à 97% en Tunisie et 99% au Maroc. L’incidence de la tuberculose est de 35 cas sur 100 000 en Tunisie et de 99 au Maroc. Les différences entre les 2 pays se situent au niveau des cas près de 7 fois plus nombreux au Maroc, un taux de létalité en début d’épidémie plus important au Maroc et qui a ensuite baissé, actuellement un taux de létalité plus élevé en Tunisie (4,50% au 21 mai) qu’au Maroc (2,72%), et dans la chute du nombre de cas actifs en Tunisie à partir de mi-avril pour une stabilisation au Maroc, et par conséquent un taux de guérison plus élevé en Tunisie, 82,49%, qu’au Maroc, 57,45%. La Tunisie arrive globalement à de meilleurs indicateurs mais il peut y avoir d’autres facteurs qui interviennent, autres que ceux listés ci-dessus.

Le continent africain pourrait bénéficier d’une certaine protection uniforme du BCG sans que cela permette de bien montrer en Afrique cet apport faute de possibilité de comparaison en Afrique même. Ces éléments sur l’Afrique ne fournissent pas de preuves, la question étant trop complexe et mondiale. Dans l’urgence des éléments de démonstrations viennent de partout, d’Europe de l’Est, de Lituanie, Slovaquie, Russie, d’Italie, du Canada, du Bangladesh, d’Israël ou même des prisons de certains pays. Seuls les essais cliniques et études scientifiques médicales déjà lancées en France où 1000 soignants à suivre entre 4 et 6 mois sont prévus selon le responsable le professeur Camille Locht, aux Pays-Bas (1000 personnes), en Australie (4000) en Allemagne, en Espagne, au Royaume-Uni et en Afrique du Sud (500), (ajout du 24.5 : + Egypte et Colombie), permettront de faire vraiment avancer la question de l’utilité ou de l’inutilité du BCG contre le Covid-19.

 

Conclusion : actions de l’ONU et de l’OMS en Afrique et prévisions à éclaircir

Ce qui caractérise le continent africain face au Covid-19, c’est d’abord la grande diversité des situations épidémiologiques. L’Afrique ayant été très peu prise par surprise par la pandémie, elle a réussi à en ralentir le démarrage au maximum, et, elle devrait continuer de le faire. Entre le 12 et le 19 mai, quatre pays, assez petits en nombre d’habitants, ont, selon les chiffres officiels, réussi à éliminer le virus. Au moins deux autres pourraient suivre rapidement. Quelques autres, moins d’une dizaine n’ayant pas atteint les 100 cas officiels ou qui les dépassent de peu, peuvent encore espérer bloquer la contagion. Les autres sont en train de passer de centaines de cas à des milliers de cas. Les systèmes hospitaliers ne sont pas encore débordés mais ils sont rarement prêts à soigner une grande quantité de cas graves. Plusieurs scénarios sont donc encore possibles, qui sont de durées variables. Là encore, tous les pays, ne suivront pas le même parcours. Des pays comme le Burkina Faso, la Tunisie, Djibouti, semblent partis pour en terminer les premiers, mais d’autres peuvent tomber dans le « pire scénario ».

L’étude des taux de létalité et de guérison permet de distinguer des profils de pays. Cette distinction est un préalable pour aborder la question des causes d’une différence entre l’Afrique et le reste du monde. Les causes de la réussite de l’endiguement du virus au démarrage, et, les causes d’une réaction différente des organismes dans la contamination de masse, ne doivent pas être confondues. Quelles que soient les hypothèses envisagées, il est encore tôt pour conclure. Plus d’observations et d’études médicales sont encore nécessaires. Les effets de l’âge de la population restent eux aussi à éclaircir sans surévaluer le critère de l’âge moyen de la population. L’hypothèse d’un rôle de la vaccination avec le BCG est valable pour l’Afrique mais l’étude de ce rôle uniquement en Afrique ne permet pas de faire beaucoup avancer une démonstration, dépendante du résultat à venir d’études cliniques dispersées sur la planète.

Actuellement, un message principal de l’Onu est celui énoncé par António Guterres le 19 mai : « La pandémie menace déjà les progrès accomplis en Afrique au risque d’aggraver les inégalités existantes et d’accentuer la faim, la malnutrition et la vulnérabilité face à la maladie. » Comme l’Ua depuis la mi-avril, l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) est « particulièrement inqui(ète) face à la crise humanitaire dans le Sahel central, une région qui inclue le Burkina Faso, le Mali et le Niger » où « environ quatre millions de personnes luttent déjà contre la faim extrême » et où le « nombre pourrait atteindre les 5,5 millions d’ici le mois d’août » selon les termes de Coumba Sow, coordinatrice de l’équipe de résilience pour l’Afrique de l’Ouest à la FAO.

Le 7 mai, les media reprennent partout que l’OMS en conférence de presse à Genève a déclaré que « 83 000 à 190 000 personnes en Afrique pourraient mourir du Covid-19 et 29 à 44 millions pourraient être infectées au cours de la première année ». La Directrice régionale de l’OMS pour l’Afrique, le Dr Matshidiso Moeti, parle de 47 pays sur 56. Sur son site, le 10 mai, l’ONU dit exactement : « De 83 000 à 190 000 personnes en Afrique pourraient mourir du Covid-19 et de 29 à 44 millions pourraient être infectées au cours de la première année de la pandémie si les mesures de confinement échouent, selon une nouvelle étude du Bureau régional de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour l’Afrique. »

L’ONU précise « Les nouvelles estimations sont basées sur la modification du risque de transmission et de la gravité des maladies par des variables spécifiques à chaque pays afin de tenir compte de la nature unique de la région. Le modèle prévoit un taux de transmission plus lent, un âge plus bas des personnes atteintes de maladies graves et des taux de mortalité plus faibles que ceux observés dans les pays les plus touchés du reste du monde… Cette situation est largement due à des facteurs sociaux et environnementaux qui ralentissent la transmission, et à une population plus jeune qui a bénéficié du contrôle des maladies transmissibles telles que le VIH et la tuberculose pour réduire ses éventuelles vulnérabilités. Le taux de transmission plus faible suggère toutefois une épidémie plus prolongée sur quelques années, selon l’étude qui a également révélé que les petits pays africains aux côtés de l’Algérie, de l’Afrique du Sud et du Cameroun étaient à haut risque si les mesures d’endiguement ne sont pas prioritaires… Le nombre prévu de cas nécessitant une hospitalisation dépasserait les capacités médicales disponibles dans une grande partie de l’Afrique. »

L’ONU et l’OMS ont baissé leurs prévisions. Le 27 mars, alors que le virus était moins connu et qu’il n’y avait encore aucun recul d’observation sur l’Afrique, Antonio Guterres avait lancé l’alarme : « sans cette mobilisation gigantesque, je crains qu’on ait en Afrique des millions et des millions de personnes infectées. Et même si la population est plus jeune que dans les pays développés, il y aura nécessairement des millions de morts. » L’estimation de « 83 000 à 190 000 » victimes est aujourd’hui affinée scientifiquement mais tout un chacun se pose la question de savoir si les calculs sont cette fois crédibles ou sont surtout utiles pour alarmer de nouveau et pousser à organiser une meilleure gestion sanitaire. N’y-a-t-il pas urgence à ce que l’OMS précise ses prévisions en fonction des différents types de pays et de trajectoire épidémiologique observés en Afrique ? Cela aiderait à faire passer son message le plus important actuellement : « Si le continent africain semble relativement épargné en comparaison à d’autres régions du monde, M. Guterres a tenu à rappeler que “la pandémie en Afrique n’en est qu’à ses débuts”, et que les perturbations pourraient s’intensifier rapidement. »

Régis Marzin

Paris, 22 mai 2020

 

[1] Il était 5 à plus de 650 cas le 6 mai : Djibouti, la Guinée, le Ghana, le Sénégal, la Côte d’Ivoire.

[2] Le 6 mai : Cameroun, le Nigéria, le Maroc, la Tunisie, la Somalie, la RDC, le Soudan (en baisse), le Niger.

[3] Echanges mail avec Laurent Lagrost les 5 et 19 mai

[4] Echange mail avec l’auteur le 3 mai